Od kiedy ksiądz Jerzy Popiełuszko został porwany, w kościele Świętego Stanisława Kostki codziennie tłum ludzi modlił się o jego życie. Po 11 dniach kapłan, który poinformował o wyłowieniu zwłok księdza Popiełuszki z Wisły powiedział, że jest on już wśród błogosławionych.
W rzeczywistości droga do beatyfikacji była znacznie dłuższa. Ksiądz Teofil Bogucki, proboszcz parafii Świętego Stanisława Kostki po pogrzebie księdza Popiełuszki powołał do życia Służbę Informacyjną, której zadaniem było zbadanie kultu prywatnego męczennika. Kult ten nie mógł być inspirowany przez Kościół.
W 1987 roku do grobu Kapłana z nieoficjalną wizytą przybył papież Jan Paweł II. Miejsce to odwiedziło wielu ludzi Kościoła oraz istotnych polityków, m.in. George Bush czy Margaret Thatcher, prezydenci Czech, Węgier, Włoch, Gruzji, Łotwy, Rumunii, Bułgarii, Norwegii, ludzie kultury, nauki i rzesze anonimowych pielgrzymów.
Wolontariusze Służby Informacyjnej koordynowani przez Katarzynę Soborak po dziesięciu latach od pogrzebu przygotowali raport, z którego wynikało, że do 1994 r. przy grobie męczennika było 12 milionów osób. Do parafii przesłano wiele informacji dotyczących łask udzielonych za wstawiennictwem księdza Popiełuszki oraz próśb o jego beatyfikację.
W 1997 r. decyzją kard. Józefa Glempa rozpoczęto prace przy procesie beatyfikacyjnym. Ksiądz Jerzy Popiełuszko jako męczennik, w obecności matki, rodzeństwa i kilkudziesięciu tysięcy wiernych, został beatyfikowany 6 czerwca 2010 r. na Placu Piłsudskiego w Warszawie.
Od momentu beatyfikacji kościół Świętego Stanisława Kostki stał się Sanktuarium Błogosławionego Księdza Jerzego Popiełuszki. Do 2024 r. grób Męczennika odwiedziło 23 miliony osób.
Od momentu beatyfikacji Archidiecezja Warszawska i Archidiecezja Białostocka zaczęły otrzymywać liczne prośby o relikwie męczennika. W ciągu 14 lat wysłano je do blisko 1800 miejsc na świecie z czego 1100 znajduje się w Polsce, a 700 w kilkudziesięciu krajach na sześciu kontynentach świata.
Mapa miejsc relikwii, parafii pod wezwaniem ks. Jerzego Popiełuszki, ulic i szkół Jego imienia
